公司账户收到个人账户打进来的款项，只要经济业务是真实有效的，那么就应该是合法的。但是，不排除这种做法还是有一定的风险因素，尤其是企业金额较大的购销业务，还应该采用对公结算的方式，以避免存在虚开增值税发票的嫌疑。

一、企业在实际的经济业务中，还是存在付款账户与开具发票单位不符的情形。比如，员工外出的住宿费，很少有公司提前将员工住宿款支付给相应酒店，基本都是员工现行垫款，给酒店交纳押金，以及结算住宿费用，而开具的发票则为员工单位。除非酒店与员工单位是签约单位，由企业定期与酒店进行结算。

还有企业与商家之间，企业零星采购时企业采购人员临时垫付款的情形也时有发生，同样导致付款人与开具发票单位二者不符的情形。

这类问题，在2016年全面实行营改增涉及进项税抵扣问题时，国家税务总局有过专门的解答，即纳税人无论通过私人账户还是对公账户支付住宿费，只要其购买的住宿服务符合现行规定，都可以抵扣进项税。而且，需要补充说明的是，不仅是住宿费，对纳税人购进的其他任何货物、服务，都没有因付款账户不同而对进项税抵扣作出限制性规定。

二、避免企业虚开发票行为的发生。

企业在生产经营中，只要是在真实的业务背景下开具的增值税发票，都是合法有效的。但同时也需要按照税法的规定和要求规范开具发票，处理经济业务，以避免不必要的麻烦。

如企业在开具增值税发票的过程中要满足“四流合一”的要求，“四流合一”是指货物流、资金流、合同流和发票流四流合一。也就是企业发出的货物、收到的现金、签订的合同、开具的发票均为同一购买方。

如果有一个环节出现不一致的时候，双方需要在合同中进行详细约定，比如，集团性企业，有些大型物料是集团内部统一一采购的，则会出现货物流、现金流、发票流等某个环节出现不一致的情形，那么在合同中约定清楚即可。

增值税发票开具时“四流合一”的实质，就是证明企业经济业务增值税抵扣链条是完整的，否则很难证明企业经济业务的真实性，也就难于判断企业是否虚开增值税发票的问题。

三、企业需要强化发票开具的管理行为。

1、员工外出住宿费等差旅费之外的个人垫付款，企业还是应当适当的控制，否则会带来不必要的麻烦，增值税抵扣链条的任何一个环节都不要断开；有的时候即便不是主观故意，也会给企业带来虚开发票的风险。

2、企业有的时候，会因为资金紧张，由股东或股东对外借款来支付企业的物料采购款，这种情况下，不要由股东或股东借款的单位、个人直接将资金支付给销货方。正确的做法是，将股东或股东借入的资金转入企业的对公账户，企业与股东或股东对外借入资金的一方，签订借款协议或合同，再由企业对公账户将物料采购款支付给销货方。这样增值税抵扣的链条才是完整的。

另外，由个人代付企业的物料采购资金，还会产生一些弊端，则不便于企业对物料采购和存货实施有效的内部控制和相关的管理。

总之，公司账户收到个人账户打进来的款项，只要经济业务是真实有效的，合法性没有问题。但是，这种做法还是有一定的风险因素，尤其是企业金额较大的购销业务，还应该采用对公结算的方式，以利于企业内部控制和管理，同时避免虚开增值税发票的风险。

来源:智融聊管理